비수술적인 방법으로 다낭성난소증후군을 치료할 경우 반응이 느리기 때문에 효과를 보기 위해서는 수개월 정도가 필요하다. 비만한 다낭성난소증후군 환자에서 가장 중요한 치료는 체중감량이다. 체중의 2~5% 정도만 줄여도 대사와 생식기능이 현저히 호전된다. 전체 칼로리 섭취량을 줄이는 것이 가장 중요하며 배란억제제인 경구피임약은 혈중 호르몬 이상을 교정하는 효과가 있다. 경증의 국소적 다모증의 경우 제모 등의 미용적인 방법으로 효과를 볼 수 있다.

다낭성난소증후군 환자의 수술적 치료는 1939년 처음 시도됐으며, 현재 사용되는 방법은 전기 소작술, 레이저 기화술, 복강경을 이용한 난소 절제, 난소 천공술 등이 있다. 수술 후 항체 형성 호르몬 농도가 정상화되고 안드로겐 수치와 인슐린 저항성이 감소하는 효과를 보인다. 수술 후 1년 이내 임신율은 약 50~80%다.