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국세청, 270억 추징 연구원 허위등록 등 기업 총 864곳 적발…"사전심사 제도 운영"


베껴 쓴 논문과 공식 인정받지 않은 연구소 등을 통해 연구·개발(R&D) 세제 혜택을 누린 기업들이 무더기로 과세당국에 덜미가 잡혔다. 국세청은 R&D 관련 각종 신고자료와 현장 정보로 부당공제 혐의를 분석·검증한 결과 지난해 864개 기업을 적발해 270억원을 추징했다고 20일 밝혔다. 전년보다 126억원(87.5%) 증가한 수준이다. 추징 규모 2021년 27억원에서 2022년 64억원, 2023년 144억원 등으로 느는 추세다.

◇연구원으로 위장한 강사…공제율 높은 기술로 부당공제=R&D 부당 공제를 받는 수법은 각양각색이다. 재활의학 병원인 A 기업은 R&D 활동에 지출한 연구원 인건비 수천만원으로 연구·인력개발비 세액공제를 신청했다. 그러나 과세당국이 연구 증거 서류로 제출한 연구보고서 등을 검토한 결과 타인의 논문을 인용하거나 재활치료 사진을 모방하는 등 방식으로 R&D 활동을 가장한 것으로 나타났다. 사후 관리 과정에서는 컨설팅 업체를 끼고 기업의 연구 노트 등 연구 증거서류 등을 대리 작성 받은 정황도 포착됐다. 일반 직원을 연구원으로 허위 등록하는 경우도 있다. 교육서비스업을 하는 B 기업은 기획·홍보·교육 등 교육 서비스를 제공하기 위한 일반적인 사업 활동을 수행한 강사, 관리직원을 연구원으로 위장해 인건비를 세액공제 신청했다가 들통나 수천만원을 추징당했다. 일반 연구개발보다 공제율이 높은 신성장·원천기술, 국가전략기술로 과다 세액공제를 받은 69개 기업에 추징한 62억원도 포함됐다. 국세청 검증 결과 과학기술정보통신부 등 관계부처로부터 연구소를 인정받지 않았거나 연구소 인정이 취소된 상태인 기업 178곳도 드러나 30억원을 추징했다.

◇"헷갈린다면 사전심사 제도를"…지난해 2504건=국세청은 악의적 부당 공제에 엄정 대응하는 한편 복잡하고 까다로운 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 미리 따져주는 사전심사 제도도 운용하고 있다. C 기업은 자동인식 인공지능(AI) 프로그램을 대상으로 인식률을 개선·향상하는 개발 활동을 수행한 연구원의 인건비를 사전심사 신청했다. 소프트웨어 분야에서 프로그램 출시 이후 활동은 연구개발 활동으로 인정하지 않는 것이 일반적이라 C 기업 활동이 R&D에 해당하는지가 쟁점이었다. 심사 결과 데이터 수집·가공, 재학습 등 체계적인 과정을 통해 인식 오류 감소 또는 목표 수치 달성해 AI 모델의 성능을 개선한 활동은 세법상 연구개발 활동에 해당해 적격 판정을 받았다. 이처럼 사전심사를 받고자 하는 기업은 홈택스, 우편, 방문 접수로 연중 신청하면 된다. 법인세(소득세) 신고 기한 전까지 통지받은 심사 결과는 신고에 즉시 반영할 수 있다.

지난해 사전심사 신청 건수는 총 2504건으로 집계됐다. 전년보다 64건(2.6%) 증가했다. 국세청 관계자는 "올해는 사전심사 우선 처리 대상에 밸류업 표창 중소기업, 국가전략기술 심사 신청 기업을 추가할 예정"이라고 말했다.

박수진 기자