초장대터널은 사고를 미연에 방지하는 것도 중요하지만 사고가 발생했을 경우 이를 대형사고로 확산되지 않도록 빠르게 대응하는 것도 중요하다. 1999년 프랑스 동부와 이탈리아 북부를 연결하는 연장 11.6㎞의 몽블랑 터널에서 발생한 화재사고는 초기 대응 및 방재시설 부족 등으로 38명이 사망하는 참사를 기록했다.

인제터널은 화재, 교통사고, 독가스 등에 대한 첨단 자동화 조기 감지시설을 설치해 사고 발생시 대형사고로 번지지 않도록 만전을 기하고 있다. 터널 전 구간에 화재사고 조기 감지를 위한 광센서형 화재감지기를 설치했다. 또 이동하는 물체에 대한 연속적인 영상의 크기를 추적해 변화를 인식함으로써 사고 발생을 알려 주는 영상유고감지 시스템을 설치, 교통사고에 따른 조기대처 능력을 확보했다. 이 밖에 독성가스 감지 시스템을 설치해 대테러 및 화학물 운반 차량 전복 등에 따른 독성가스 사고에도 대비하고 있다.

인제터널은 대량으로 발생하는 오염물질 처리를 위한 급기 및 배기시스템을 계획했다. 인제터널은 수직갱 2개소를 통한 배연방식에서 공사 진행을 위해 뚫은 사갱을 환기용으로 활용하도록 원안을 변경, 기존 3구간의 배연구간을 4구간으로 세분화시켜 피난 취약지역인 중앙부 배연거리를 단축시킴으로써 인명 및 시설물 피해를 최소화했다. 또 평상시, 교통량 집중시, 화재시 상황에 따라 쌍방향 터널 구간 내의 각각의 환기소를 유기적으로 운영하는 상하행 연동 지능형 환기시스템을 통해 원활한 환기가 가능하도록 했다.